王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，或许看似平淡无奇，但它是中国封建王朝发展的一个重要转折点。过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法占据了主导地位，而黄仁宇则认为，这并非国家赋税过重所致，而在于法律与政府效能的低下。他通过《万历十五年》来阐述这一观点，即中国两千年的法制缺失，最终在明代达到顶峰。
那一年，大明朝中的重臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞等人，都以悲剧收场。即使是万历帝，他也只能在这种体制下无为而治。这体现了强大体制惯性的悲哀，他们每个人都有独特之处，闪耀着希望，却又试图改革，最终失败，不少人甚至遭遇革职或入狱。这些文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技创新和商业发展陷入停滞。文官集团的统治成为了大明王朝衰败的开端，而宦官集团夺权更是加速了其崩溃。
历史上，万历十五年只是一个平凡的一年，但其中发生了一些容易被忽略的小事件，它们虽看似微不足道，却隐藏着将来重大事件的关键，也预示着未来可能引发巨大波澜的事缘。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个衰落帝国的悲剧命运，最终他们所有人的故事都随时间消逝。
黄仁宇批判了中国依赖意识形态作为统治手段，他指出，道德不能替代技术，更不能替代法律，这是明朝特色之一——意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度都是前所未有的。此刻，在1587年的那个瞬间，中国与西方之间差距正在不断扩大，一边的是西方帝国崛起，一边的是东方帝国走向沉沦。
