王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是中国封建王朝发展的重要时期。传统上，人们认为明朝民穷是由于税重，但黄仁宇则认为，这并非国家赋税过重的原因，而是法律和政府能力不足的问题。在两千年的历史中，以道德代替法制达到极点，他通过《万历十五年》阐述这一观点。
在这个时期，明朝的大臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞等人，都以悲剧收场。即使是万历帝自己，在这种体制下，也只能无为而治。这反映出强大的体制惯性所带来的悲哀。每个人都有自己的特点，却因改革失败而遭受革职或入狱命运。大批文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技革新和商业发展停滞不前。文官与宦官集团的斗争导致大明王朝衰败。
历史上，万历十五年看似平凡，但其中隐藏着许多容易被忽视的小事件，它们却成为后来大事发生的关键，并将引发未来事件。这一系列因果关系，就是历史研究中的重点。而通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》揭示了一个没落帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相也无法挽回。
黄仁宇在书中深刻批评了中国依赖意识形态作为统治手段的问题。他指出，无论从强度还是广度来说，这种情况在明朝达到了空前的水平。从此开始，中国与西方之间差距越拉越开，而西方帝国崛起，与东方帝国衰落形成鲜明对比。
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