王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，是一个决定性的一年，它既充满了重要的历史事件，又平淡无奇，甚至没有什么值得一提的地方，但它却是中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即便是万历自己，在这种文官集团体制下，只能采取无为而治的策略。这些可以看出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，但他们试图进行改革，最终却失败了，大部分人还遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技进步以及商业发展都陷入停滞状态。而文官与宦官集团之间的权力斗争，更是使大明王朝走向衰败。
从历史上来看，万历十五年的确是一般平凡的一年，但是在这个平凡之中发生了一些容易被忽视的小事，这些小事虽然看似微不足道，却实际上触及了之前重大事件背后的症结，也预示着将会引发未来动荡的大事。这其中因果关系恰恰成为了历史研究中的重点焦点。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个衰落帝国悲剧命运，以及最终这些帝王将相如何被时间抹去。
尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非完美，无法取代技术，更不能完全替代法律。他认为，明朝的一个显著特征就在于“依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到了前所未有的高度。”
自从那一年起，即1587年的开始，一直到西方帝国崛起，一直到东方帝国逐渐沉沦，不同文明世界之间的差距就越来越大了!
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