在洪武五年的某一天，朱元璋翻阅《孟子》时突然大怒，他命令将孟子的牌位逐出孔庙，不准配享，并威胁有敢于谏言的官员要被处以不敬之罪。这个命令让朝中文武官员都感到震惊和恐慌。朱元璋虽然对《论语》情有独钟，对孔子敬仰有加，但他却对孟子这种发扬孔子的“亚圣”仁义思想的人士极为反感。
原因之一是朱元璋个人的经历使他对文人产生了深刻的敌意。他从一个贫寒之家出身，曾放羊、做和尚，小军官一路走来，最终成为国家主宰。他清楚自己作为武夫而非学者，若想统治稳固，就必须从文化入手。但他本质上看不起儒生，这一点体现在他下令用木板制作学习案桌，让士人只用独木，以免他们变得顽固不可动摇。
另一个原因是孟子的“民本”思想让朱元璋如芒刺在背。孟子说过，“民为贵，社稷次之，君为轻”，这意味着人民的地位高于国家利益，再也没有什么比得上它们的。这与孔子提倡的“仁”相比，更侧重于对人民的关怀。如果国王想保住天下并且四海归心，那么就必须施行仁政，即爱护人民，而不是强迫他们接受讨厌的事情。正如孟子所说：“得其民有道，有道，则得其心；得其心，有道，则可以聚也；所恶者，不可施也。”
在《离娄下》的篇章中，孟子进一步阐述了君臣关系是相互制约的，没有绝对权威。“君视臣如手足则臣视君如腹心；君视臣如犬马则臣视君如国人；君视臣如土芥则臣视君如寇仇。”这表明谁能保护百姓谁就是真正合适的人选，如果残害百姓，那么这样的统治者就应该被推翻，而不是犯上作乱，这点类似周武王推翻纣王一样，是为了除害而非造乱。
最终，由于自身文化上的劣势以及先天嫉恨知识分子的心理根源，加上他的文化自卑，使得他无法容忍任何挑战自己的声音，因此决定撤去孟子的牌位。而儒生们为了维护自己的圣贤，他们利用皇帝迷信天命的心理，用夜观星象来阻止这一举措，最终导致了Son of Heaven（指中国古代最高统治者的尊称）不得不恢复了Son of Heaven 孝定的名声，但同时又删减了部分书籍内容，将书中的三分之一删除掉，为的是削弱它的一些力量。这是一种非常狠辣的手段，它体现出了当时政治斗争中的尖锐冲突，以及各种各样的权力游戏。
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