张献忠入川之举，历史上留下了深刻的争议与奇闻。1645年冬，他下令除大西政权官员家属外，成都“城内居民一律杀绝”。两位洋教士亲临其境，目睹了这惨无人道的一幕。开始，这两个西方传教士，被安排在城东和城南的空地上，对近二十万无辜市民进行屠杀。安司铎回忆说：“见无辜百姓男女被杀，呼号之声，惨绝心目，血流成渠，我心如刀割欲救不能。”此时张献忠骑马由南门往东门，而二位司铎皆伏地哀求，但张献忠不予理睬。
安司铎在回忆中说：此时被拘百姓无数，集于南门沙坝桥边，一见献忠到来众皆跪伏于地齐声悲哭求赦云：“大王万岁！我等是你百姓，我等未犯国法何故杀无辜百姓？我等无军器亦不是兵亦不是敌乃是守法良民乞大王救命赦我众无辜小民”云云。但张献忠的心禽兽不如，不独无哀怜之意反而厉声痛骂百姓私通敌人。
随即纵马入人群任马乱跳乱踢并高声狂吼：“该死该杀之反叛！”随令军士急速动刑冤呼痛哉！无罪百姓齐遭惨杀终则息静无声。一片尸积成山血流成河逐处皆尸河为之塞不能行船。这场屠戮导致锦绣蓉城顿成旷野，无人居住，一片荒凉景象非笔舌所能形容……凡城镇村庄房屋皆纵火焚毁而仓廪山林也遭毁灭四乡無人迹皆成旷野。
东、西、南三方受害尤甚唯北方独存盖拟由此地出川。此后张献忠离川往陕时，又令全城四面纵火公所私第楼台亭阁，一派通红，有似火海。大明历代诸王所居宫殿及民间房屋均遭焚毁转瞬间川中首府已成焦土人畜化为灰烬。
出川后，他敕令次日将妇女引至大营外一律kill之计是日所kill妇女之数有四十万人之多。他狂喜欲舞，并向百官称贺谓已脱妇女扼身無掛累前行無阻定得天下。而两位洋教士还目睹了他死亡，为他的结局提供了一份宝贵资料：清朝官员到来接管时，因找不到作廨署屋舍，将省府迁回顺治十六年（1659）才回到原址。
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