王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。这个时间节点既充满了决定性事件，又可能显得平淡无奇，甚至似乎没有任何值得一提的发生。但黄仁宇认为，这一年恰恰展现了明朝政治、经济和社会的一些深层次问题。
在过去关于明史的叙述中，常常会出现“税重民穷”的说法，但黄仁宇则认为，这种困境的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律体系及其执行者的能力不足。在两千年的历史长河中，以道德取代法律的情况最为突出，而黄仁宇写作《万历十五年》的初衷，就是要揭示这一观点。
在那个时代，大明朝中的重臣们，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都有着各自独特的风貌和尝试改革的勇气，但他们最终都以悲剧收场。即便是当时的皇帝——万历，他也只能选择无为而治，因为身处一个由文官集团主导的大环境之中。这种强大的体制惯性所带来的痛苦与悲哀，是我们可以从这些个案中直接感受到的。
他们尽管努力推动变革，但最终却未能成功，有的是被革职，有的是入狱。这一切都是因为文官集团为了维护自己的利益和集团平衡，不断地阻碍国家武备科技进步以及商业发展，从而导致了整个社会停滞不前。这样的统治方式，对大明王朝来说，无疑是一场灾难性的开始，更何况文官与宦官之间夺权斗争，使得大明帝国变得更加脆弱。
历史上看来，万历十五年的确是一个平凡的一年，但是在这一年的某些细微事件里，却隐藏着对后续重大事件产生影响的事项。而这些看似不起眼的小事，其间因果关系，却成为了历史学家探究重点所关注的地方。
通过对几个关键人物进行描述，《万历十五年》揭示了这个末日临近的大明朝悲惨命运，以及它如何一步步走向覆灭。最后，它还是意识形态而非技术或法律支撑下的帝国，最终导致了其衰落。
虽然黄仁宇已经在他的作品里深刻批判了依赖意识形态作为统治手段的问题——道德并不能替代技术，更不能替代法律。他指出，明朝特有的特色就在于利用意识形态全面渗透帝国生活，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
而到了万历十五年，那种差距逐渐凸显：西方正在崛起，而东方则开始走向衰退。这一切都预示着一个巨大的时代转折，即将到来。
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