制度腐败与权力集中
元朝初期，忽必烈等开国君主实行了一系列改革，如整顿官僚体系、设立中书省等，以加强中央集权。但随着时间的推移，这些制度逐渐变质。官员之间出现了贪污腐败的问题，地方豪强对中央政府失去控制，使得国家治理变得困难。此外，皇帝对于国家大事过于关注，对于日常政务则不再亲自处理，而是由宦官和太监掌控，形成了一个既定的权力结构。这导致了决策效率低下，加剧了社会矛盾。
农业生产问题
元朝时期，由于气候变化、土地退化以及农业技术落后等原因，农业生产遇到了严重挑战。特别是在14世纪以后，由于长期连年干旱和洪水频发，以及黑死病的爆发，这一地区的粮食产量显著下降，大批民众陷入饥饿和贫困之中。同时，因为地主阶级对农民进行剥削，加剧了农民负担，使得许多人流离失所或转而成为游牧民族的一部分。
外患不断
在内部问题未解决的情况下，元朝还面临着来自周边各民族的军事威胁。蒙古帝国虽然建立，但其疆域辽阔，不易统一管理。在东方，与中国接壤的金国曾经是蒙古征服的一个目标，在忽必烈称帝后，并没有彻底消除这一威胁。而且，从南宋到明代期间，一直有大量汉族士兵从江南逃亡到北方抵抗元朝统治，这些反抗活动也为元末动乱提供了助力。
内忧与分裂
尽管在某些时期如忽必烈晚年短暂稳定局势，但随着他的去世及继位君主们争夺皇位的事情发生不穷，此类内斗使得国家进一步衰弱。在这些混乱中，一些地方贵族和将领开始独立自号，他们拥有自己的军队甚至是一定的行政区域，最终演变成割据势力的存在，这种分裂状态极大地削弱了中央集权政府的地位。
社会矛盾激化
除了政治经济上的问题，还有社会层次间严重悬殊的问题导致社会矛盾激化。一方面，是少数富有的贵族集团占据一切优势资源；另一方面，则是广大平民群众生活困苦无依，无力反抗。此外，由于人口的大量死亡（如因黑死病），劳动力不足，也促进了一种新的劳动关系，即“佃户”、“雇工”的产生，它进一步加深了社会矛盾。这种尖锐的阶级冲突最终影响到了整个社会秩序，使得当时已疲惫不堪的政治体制更难以维持下去。
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