王小波曾形容这部作品为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无特别之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的关键时期。
过去的明史叙述中几乎都提到“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律与政府效能不足。自古以来，以道德代替法制的现象，在明代达到极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，就在于阐释这一观点。
明朝万历年的高级官员，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都以悲剧收场。即使是万历本人，在这种文官集团体制下，只能采取等待政策。从这些人物可以看出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。在这个集体里，每个人的特点都闪耀着光芒，他们尝试进行改革，但最终失败，大多数人还遭遇了革职或入狱这样的下场。一群文官为了维持整个集团的平衡，使得国家的武备、科技进步和商业发展陷入停滞。而文官与宦官之间权力的争夺更是导致了大明王朝衰败。
历史上，万历十五年的确是一个平凡的一年，但是在这一年的某些事件中隐藏着许多容易被忽略的事实。这类似末段的小节，却是以前重大事件症结，也预示着未来可能引发波澜。这一系列因果关系恰好反映了历史上的重要焦点。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描绘，我们看到这个衰落帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相都被时间埋葬。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判中国以道德代替法律——道德并不完美，它无法取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，一种趋势开始显现：东方帝国正在走向衰落，而西方帝国则崛起之际。
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