王小波曾形容这部著作为“非传统的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是一系列转折点的发生，但也是一年平淡无奇，以至于没有任何值得讨论的地方。然而，这恰恰是中国封建制度发展的一个关键时期。
过去关于明朝历史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律体系和政府效能问题。在中国两千年的历史中，以道德代替法律的情况最为严重，在明朝达到顶峰，黄仁宇撰写《万历十五年》的目的是为了强调这一观点。
明朝万历时期的一线大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即使是万历帝自己，在这种文官集团体制下，也只能采取守守权威而不干预政务的态度。这反映出一种深厚体制惯性的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，并试图进行改革，但最终失败，大多数人遭遇革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的稳定，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。不懈地推动这个国家前进的是文官与宦官之间权力斗争，这直接导致了大明帝国的衰败。
在历史上，万历十五年的确只是一个平凡的一年，却隐藏着许多容易被忽视的小事件。而这些看似不起眼的事物，却是之前重大事件产生的问题，也可能成为未来引发波澜的契机。这些因果关系构成了历史学家探究重点。通过对几个关键人物的人物塑造，《万历十五年》揭示了这个覆灭帝国悲惨命运，最终证明了技术不可或缺，而道德不足以取代它，更不能替代法律。他指出，明朝特征之一就是依赖意识形态作为治理手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年开始，一种巨大的差距逐渐展现：西方世界正在崛起，而东方世界则走向沉沦。在接下来的岁月里，这一分裂变得越来越清晰。
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