《明朝那些事》这部作品，许多读者将其奉为“史书”，而提到《明史》，他们便自信满满地说：“当然看过，就两个字还能不认识么？”然而，当他们意识到作者并非真正的学者时，他们便搬出权威学者的名义，比如毛佩琦。他们认为，只要是毛佩琦所说的话，无疑就是金科玉律，但实际上，毛佩琦在《百家讲坛》中讲述的“朱元璋重刑治国之谜”就有明显的错误。
例如，在讨论朱元璋统治方式时，毛佩琦指出官员考核由吏部和督察院负责，这是一个历史上的错误。此外，一些与朱元璋相关的文史差错也被专家指出，如在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦提到的帖木儿国向洪武朝廷纳贡这一点，也是不准确的。因为洪武是朱元璋使用的一种年号，而洪武之前的大明王朝尚未建立，因此帖木儿国怎能向大明王朝纳贡呢？
相比之下，有些被人诟骂最多的人物，如隋炀帝杨广，其疏通运河、连接黄河长江流域两大经济区，使中华民族最终形成牢不可破的整体，这样的历史功绩却常常被忽视。
另外，尽管毛教授在演讲中可能会出现一些关于史料方面的问题，比如他谈及明成祖时中国疆域“空前广阔”的描述，并不是完全准确。但从历史上来看，我们可以看到中国版图随时间发展变化：
公元前3世纪秦王朝统一中国后，其疆域面积约300万平方公里；
西汉时期（汉武帝）开拓河西走廊20万平方公里，加上第13世王朝开拓云贵高原33万平方公里，使得中国本土面积共350万平方公里；
明代之后，由于边界缩小至353万平方公里，与秦皇时代基本恢复相同；
清代达到最大规模，大清帝国版图总计1300.6万平方公里（不含附属国），虽然其中包含了大量无人居住的地方，但比现在的小巧得多。
因此，从地理和政治角度来看，《明 朝那些事》的描述并不全然准确，而这些误解往往源于对权威人物言论的一厢情愿接受。
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