王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，正如1587年的万历十五年，既有决定性事件，也许平淡无奇甚至毫无可谈之处，但它是中国封建王朝发展的关键时期。传统上关于明史的叙述往往以“税重民穷”为主题，但黄仁宇认为，民贫的根本原因并非赋税过重，而在于法律和政府的低效。两千年来，中国以道德代替法制至明代达到极点，其目的在于强调这一观点。
明朝万历年间诸多重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。在这种文官集团体制下，即使是皇帝也只能无为而治。这种强大体制惯性的悲哀透露着他们各自独特的一面，同时试图进行改革，最终失败，大部分人遭遇革职或入狱。一群文官为了维护集团利益，使国家武备科技革新及商业发展陷入停滞。文官与宦官之间权力斗争加剧了大明帝国的衰败。
历史上万历十五年虽平凡，却隐藏着忽视的小事件，这些事件看似微不足道却实质上成为了前事后果，是未来动荡所必需的情境。这一系列因果关系恰恰揭示了历史的核心要素。在《万历十五年》中通过对几个关键人物深度描绘，我们见证了这个落幕帝国悲壮命运。
黄仁宇在书中深刻批判了中国依赖意识形态作为统治手段的问题——意识形态渗透到了帝国每个角落，无论强度还是广度都达到了前所未有的高度。他指出，这种情况开始于1587年的那一年，从此东方帝国向西方进步迈出了巨大的差距。当时西方正在崛起，而东方则渐渐失去活力。
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