王小波曾经评价《万历十五年》为“不新的书”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里中国封建王朝的发展达到了一个重要节点。传统上关于明史的叙述往往以“税重民穷”为主题，但黄仁宇认为，民众贫困的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律缺失和政府效率低下。自古以来，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就在于证明这一点。
当时的明朝重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都有着独特的一面，却都以悲剧告终。即便是万历帝自己，在这种体制下，只能采取无为而治的手段。这体现了强大的制度惯性带来的悲哀。此外，每位官员都尝试进行改革，但最终失败，大多数人遭受革职或入狱的命运。一群文官为了维护集团利益，让国家武备科技革新和商业发展陷入停滞。文官与宦官集团争权夺势，更是导致大明王朝衰败。
历史上，万历十五年的确平淡无奇，但是在这一年的事件中，有一些被历史学家忽视的小事，它们看似不起眼却关乎前事后果，是将来波澜壮阔事件的伏笔。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们可以窥见这个帝国末日悲剧命运。而最终，这些帝王将相所遗留下的仅是一片荒凉。
黄仁宇在书中批判了中国依赖意识形态作为统治手段的事实，他认为这无法替代技术，更不能替代法律。在意识形态占据帝国各个角落，无论其强度还是广度，都达到了空前的程度。这也标志着中国与西方之间差距日益扩大：西方帝国崛起之际，东方则开始走向衰落。
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