秦始皇统一六国后，为了加强中央集权，他采取了一系列措施。公元前213年，在咸阳宫为儒生大宴。在宴会上，众多儒生围绕是否实行分封制发生激烈争论。王绾、博士淳于越等人主张实行分封，而丞相李斯等人支持郡县制，并指责淳于越等“不师今而学古”、“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的观点，并采用了他的建议下令焚书，只保留《诗》、《书》和国家博士所藏的相关典籍。
此外，秦始皇还派徐福、侯生、卢生等人寻求仙药，他们是秦始皇身边的方士，但最终没有找到仙药。依照当时法律，如果不能找到仙药，就会被处死，因此他们逃离了。这个行为使得秦始皇非常恼怒，并下令对在咸阳的方士进行审查，最终挖坑活埋460余人。这段历史被称为“坑儒”，但关于这是否真的有过一次或两次，以及坑杀的人数，一直存在争议。
有人认为，这并非真正的“坑儒”，而是一场针对那些骗子和欺诈者的大清洗，因为这些人的罪名主要是诽谤和骗子，而不是因为他们是儒家学者的信仰或传播儒家的学说。而且，《史记》中提到的被杀者主要是方士，如侯生、卢生，他们与儒家无关。此外，即便是在焚书之际，也仅限于民间私藏百家语，不涉及官方保存的经典。
然而，有些资料记载了另外一次规模更大的秘密暗害事件，其中有一段描述说，在骊山温谷里，有700余名儒生因争论不休而遭到秘密活埋。但这种说法并不广泛认同，因为它与其他史料中的记录不同，而且手段也极其残忍。
总体来说，对于秦始皇是否真的有过一次或两次“坑儒”，以及具体的人数，一直存在着不同的看法和解释。在历史研究中，这样的细节问题往往需要不断地考证和讨论，以寻找真相。
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