在洪武五年的某个日子里，朱元璋正在翻阅《孟子》时，突然间他的愤怒爆发。他下令将孟子的牌位从孔庙中移除，并严厉指示：“若有人敢于谏言而不敬者，将以此罪论之，还有金吾卫来射杀他。”这条命令让朝中的文臣武将都感到震惊和恐慌。朱元璋虽然对《论语》情有独钟，对孔子的尊崇也达到了极点，但为什么他会如此憎恨孟子呢？分析起来，这主要有两个原因。
首先，是朱元璋个人的经历使得他对文人产生了强烈的反感。朱元璋出身贫寒，从放羊到做和尚，再至小军官，最后一路走向权力的顶峰。他深知自己是武夫，没有学问，要想统一文人的思想并巩固自己的统治，就必须从文化入手。但是，他天生就对文人、文化持有一种本能的抵触，从骨子里看不起那些儒生。比如，他曾经命令“造案座”，凡士人肄习案座，“皆以独木为之”，当有人问其缘故时，朱元璋回答说：“秀才顽，使之坚厚，不败吾案。”这些话语透露出，他眼中文人的地位微不足道。
其次，是孟子的“民本”思想让朱元璋感到如同刺在背上。众所周知，孟子有一句名言：“民为贵，社稷次之，君为轻。”意思是人民的地位高过国家利益，更高过君王。这意味着君王作为国家的统治者应该服务于人民，为江山社稷着想。而与孔子的“仁”相比，孟子的“仁”更多地关注的是对“民”的爱护。如果天子想要得到天下、保住四海，就必须施行仁政，用爱心待遇百姓。不要强加给他们讨厌的事情，如同《孟子•离娄下》所述：“得其民有道，则臣视君如腹心；得其心，有道则所欲，与之聚之；所恶，不施尔也。”
更进一步，《孟子•离娄下》中还阐述了一种关系观念：如果君主视臣如手足，那么臣就视君如腹心；如果君主视臣如犬马，那么臣就视君如国人；如果君主视臣如土芥，那么臣就视君如寇仇。这表明，在孟子的眼中，无论是哪一种关系，都不存在绝对的权威，而只有保护人民才能称王。如果残害百姓的人登基，即使他们拥有天下的力量，也应当被推翻，这正像是周武王推翻殷纣王一样，是为了除害。在这种情况下，把Son of Heaven（圣明）置于非理状态，使他无法真正理解和执行真正的仁政。
因此，由于自身文化劣势形成的一种先天嫉妒，以及由于自己的个人经历形成的一种深刻心理阴影，加上对于知识分子的内在敌意，使得即便面临来自宇宙力量的声音警告也不顾事后悔悟恢复了他的牌位，但是却通过删书的手段来进行了思想上的腰斩，以此来表达出一种强硬态度与策略性的打击。
