《明朝那些事》这部作品，许多人视之为真正的“史书”，而提及《明史》，则常被称作是清朝篡改的产物。对于《明史》的内容，他们往往持否定态度，认为它对明朝的评价一无是处。然而，当人们意识到《明朝那些事》的作者并非历史学者时，他们便会搬出一个权威学者的名字：毛佩琦。他们声称一切关于明朝的伟大与光荣都是毛佩琦所说的，而他们并不了解的是，即使毛佩琦在他的电视讲座中多次指出了《百家讲坛》中的错误，也有人不允许他上电视，以免误导年轻一代。
例如，在他讲述朱元璋如何通过重刑治国的问题时，他曾说：“明朝的官员考核由吏部和督察院负责。” 这个说法显然是不准确的。
此外，一些与朱元璋相关的事实也经常被专家指出有误，如在他的著作《细解明朝十七帝》中，毛佩琦提到了帖木儿国在洪武年间向 明朝纳贡。这是一个显然存在问题的地方，因为洪武只是朱元璋使用的一个年号，而当时的大明王朝尚未成立，所以帖木儿国怎么能向其纳贡呢？作为一个专门研究明史的人，这样的错误实在令人难以理解。
相比之下，那些历来被人诟骂最多的隋炀帝杨广，其开凿运河，将黄河长江流域两大经济区连接起来，使中华民族最终成为不可分割的一体，这一历史成就却似乎值得我们铭记。
至于毛教授认为老百姓因战争而大量死亡这一点，我们应当保持一定距离，不苟同这样的观点。
最后，毛教授在演讲中提到的很多史料方面的问题都有待商榷，比如他谈论到 明成祖时期中国疆域“空前广阔”的说法，并没有提供足够证据支持这一观点。在历史上，中国版图经历了不同的扩张和收缩阶段，从秦始皇统一六国后300万平方公里，再到汉武帝开拓河西走廊20万平方公里，加上唐代对云南、贵州等地征服33万平方公里，最终达到350万平方公里；然后到了宋末民初，又减少至353万平方公里；直至清末达到1300.6万平方公里（不包括附属国家），虽然其中包含了许多荒凉地区，但比现在的小得多。这段时间里，有一些地方因为战乱或其他原因改变了领土大小，但总体来说，没有证据表示那个时代中国疆域真的像那么宽广。
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