明朝的翰林院与清朝的军机处，虽然都是辅佐皇帝处理政务的机构，但它们在结构、职能和运行方式上存在显著差异。从最初设立至今，这两个机构经历了漫长而复杂的演变过程。
在明朝，翰林院起初是唐高宗时期设立的一种顾问和秘书系统。随着时间的推移，它逐渐发展成为一个独立于六部之外、但又受内监影响较大的内阁制度。明宣德年间，翰林院开始独立批答奏章，并且迁移到文渊阁，这标志着内阁正式成为了一个有固定办公地点和编制的人事机构。
相比之下，清朝入关后恢复了明朝的内阁制度，但它仅限于办理一般性事务，而重要或机密的事务则由议政王大臣会议负责。这一体系一直持续到康熙新政之后，当时皇帝直接处理各项政务，因此不再需要像以前那样依赖内阁来处理机要事宜。
然而，在雍正时期，由于用兵西北等因素，清政府设立了军机处，它位于隆宗门内，并专注于办理机密要政。此刻，“枢廷义取慎密”，即使是高级官员，没有特旨也不得擅入军机处。而其余官员更是不许闲人窥视其工作场所。
总体来说，军机处与翰林院最主要区别在于前者是宫中办公，以便皇帝随时召见；后者则是在文渊阁办公，更偏离御前。但两者都致力于辅助皇帝决策并执行政策。在实际运作中，他们分别承担了不同层次的事务管理——一方面确保信息传递效率，一方面保证权力的集中控制。
尽管如此，不同时代对这些组织功能的需求变化，以及如何平衡中央集权与地方分权的问题，都导致了这两个机构不断调整以适应时代发展。因此，无论哪个帝国，其政治体制是否能够灵活应变，对国家命运产生深远影响。
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