在这段古老的朝代变迁中，内阁与军机处的差异如同一幅精致的织品图案，每一个细节都蕴含着深刻的历史意义。明朝时期，翰林院作为皇帝的心腹顾问和秘书，从唐高宗时代便开始存在。随着朱棣入主天下，他废除了宰相制，将几名翰林官员安排至文渊阁参与政务，这标志着内阁制度的初步形成。在明朝初年，由于内阁既不统领六部，也受到内监影响，它的地位显得有些微妙。
学者张飞燕在其著作《紫禁城杂志》中的文章中对此进行了详尽探讨。他指出，故宫最初设立的内阁实际上是翰林院的一个特殊分支机构。当宣德年间，宣宗命阁臣代为批答奏章时，阁臣逐渐独立处理事务。办公地点也从御前转移到文渊阁。这一变化促使宣宗在宣德七年新署落成，并将翰林院迁出，使文渊阁成为正式的内阁官署。
随着时间流逝，一方面，内阁由临时性设施转变为永久性机构，不再受御前命令而直接处理政务，这反映了它从皇帝侍从幕僚到中枢辅佐地位提升的一种演变；另一方面，这表面上的升级，却为宦官掌握“照 阙票批朱”权力创造了条件，即使是在距离乾清宫只有一千米之遥的地方，大臣们之间的大部分交流都依赖于纸面书信。
清朝入关后恢复明朝制度，但这一体系有所不同，只负责办理一般事务，而重要和机密的事务则交由议政王大臣会议处理。康熙新政之后，由于皇帝亲自处理各项事务，他们需要更专注于机要秘书工作，因此这个时候已经不再具有处理机要功能。而雍正时期由于用兵西北问题建立军机处，在隆宗门设立，其职责主要是办理机密要政，所以“枢廷义取慎密”。
军机处与唐朝翰林院不同的是，它位于宫内办公场所紧邻皇帝居所乾清宫，以便随时召见。而军机处只是一个力求准确贯彻皇意的小组，是名副其实的宰相奉命拟旨辅政制，它主管重大的机密事务，而不是有权威性的宰相府。因此，对比明朝以太监共掌日常政治、以及皇权旁落导致宦官专权的问题来说，清末虽然也有决策体系闭塞僵化的问题，但是至少避免了明末那种严重的情况。
然而，就像同治中兴期间曾国藩、左宗棠等汉族知识分子参与决策那样，以及戊戌变法和晚年的新政策，都因为最高决策层缺乏创新思维而无法有效推行，最终导致帝国覆亡。这让人思考，无论是在历史还是现代，如果没有真正开放的心态去接受外界信息，不断更新自己对于世界的情感认识，那么即使拥有最完善的人才团队，也难以实现真正持续发展。
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