在历史的长河中，明朝与清朝的内阁制度有着显著的差异。翰林院作为皇帝顾问和秘书的起源，可追溯至唐高宗时期。明朝废除了宰相制，朱棣采纳几名翰林官员入值文渊阁参与政务，从而出现了内阁制度。在这种制度下，内阁既不统领六部，也受宫廷监管的限制。
学者张飞燕在《紫禁城杂志》中的文章对此进行了深入探讨。在最初，故宫里的内阁实际上是翰林院的一个特殊职能分支机构。宣德年间，由于批答奏章工作量增大，宣宗命得以代为处理，并且这一职责独立于其他部门之外。此时办公地点由御前转移到文渊阁。
为了适应这一变化，在宣德七年新署落成后，翰林院迁出了文渊阁，这才使得文渊阁正式成为内阁官署。因此，当永乐时期参与政务的人们提到“东角门内”、“奉天门内”，并非指文渊，但之后人记载正统以后的 内阁则直接称其为“文渊”。
这次活动意味着从临时性设施转变为永久性机构，不再受御前命令处理事务，而是成为了一种中枢体制。这表明了从皇帝侍从幕僚到明代中枢的演变。但同时，这也创造了条件让宦官擅权掌握“照 阙票批朱”的权力。
然而，对于清朝来说，他们恢复了明朝的一些原有的制度，但规模更大，有288人的编制。而它不同于之前，只负责日常事务，而重大和机密的事务则由议政王大臣会议办理。
随着康熙新政后皇帝直接处理各项事务，不再需要军机处来处理这些事情，因此军机处失去了其原本功能。直到雍正时期，因用兵西北建立军机处，它设立在隆宗门内部，与皇宫紧邻，以便快速响应皇上的命令。
军机处总是掌管国家的大事，以参预国计国策，其位置紧靠乾清宫，以便随时召见。大臣们即使是高级别，也必须获得特别旨意才能进入值房区域；普通人员更是不允许接近，即使是在帘前、窗外或阶下都不能闲逛，更不用说窥视重要文件了。
相比之下，虽然两者的职能有所区别，但它们之间存在协作关系。当我们回顾历史，我们可以看到尽管每个时代都试图解决问题但最终还是失败，最终导致帝国崩溃。而对于那些试图改革或振兴帝国的人来说，无论他们多么努力，如果没有最高决策层支持，那么一切都会付诸东流，如同慈禧太后的例子，她对戊戌变法和晚年的新政持怀疑态度，从而错失改善帝国局势的大好机会。
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