我来告诉大家，明朝初期的开国皇帝朱元璋，虽然在南京设立了都城，但他的理想中的京师是河南的开封。所以，他将开封府暂时称作北京，因此明朝有两个京都。那么，它们是如何被治理的呢？下面，我就和大家一起探讨这个问题。
首先，我们要知道“两京一十三省”这个概念。这是一个对明朝时期全国区域划分的术语，其中，“两京”指的是北京和南京，而“一十三省”则是指全国其他地区。但在朱元璋时代，北京并不是现在我们说的那座城市，而是河南的开封。
后来，朱棣夺取了皇位，他迁都到了现在我们所说的北京，这可能是为了加强对北方地区的管理，因为中国疆域广阔，把都城迁移到北方对于有效管理北方非常有利。此外，朱棣曾经统治过主要在北方地区，因此他选择北京作为中心地也很合适。而南京作为孝陵所在地，其重要性自不待言。如果南京的地位下降，对于明朝来说将是一大打击，因此它仍然保持着特殊的地位。
可以说，在明朝中，北京是国家政治中心，而南京则经济文化中心，是双重角色。在这两个地方，都具有极其重要的地位。由于南京含有朱元璋陵墓孝陵，所以提升其地位，对于任何方面都是至关重要，这也是为什么它能与北京相提并论的一个原因。而且，由于其定都地点是在这里，加上其他省份尤其是在最初阶段稳固统治对于新君而言十分关键。
接下来，让我们看看明代两 京制具体如何运作：
第一点：行政机构
在留守下的制度中，有完整的一套行政机构设置。这意味着所有官员系统、六部、督察院、大理寺、通政司、宗人府、翰林院和国子监等机构，都存在于两者之中，只不过略微复杂一些。
第二点：职权范围
从职权范围来看，这些机构仅限于管辖自己的区域，没有权限介入其他地方的事务。此外，从执行政策程序看，即便这些奏章经过覆议后才能呈交给皇帝，并由皇帝颁布命令给予执行，也体现出这种隶属关系，使得中央集权更加巩固，同时避免了内部斗争和矛盾，以此维护清晰的人事结构和社会秩序。
总结一下，不同地域间通过这样的机制进行分工协调，便形成了一种既能够确保中央集权又能有效实施的地方自治的手段。
