张献忠入川之举，历史上留下了深刻的争议与奇闻。1645年冬，他下令除大西政权官员家属外，成都居民一律杀绝。这场屠杀震惊了两位洋教士，他们亲眼目睹了这惨烈的一幕。两个西方传教士，被安排在城东和城南的空地上观看这一血腥场面。一位传教士回忆道：“见无辜百姓男女被杀，呼号之声，惨绝心目，血流成渠，心如刀割，欲救不能。”当时，无辜市民近二十万人被屠戮，而张献忠骑马通过南门往东门，不顾二位司铎的哀求继续进行屠杀。
此前，被拘押的人们聚集于南门沙坝桥边，当他们看到张献忠到来，全体跪伏在地，为他祈求宽恕，但张献忠听不进去，只是痛骂百姓私通敌人，并命令军士动刑。最后，无罪百姓遭遇惨死，一片寂静。而后，他又纵火焚烧房屋，将整个城市化为焦土。
离开川蜀前往陕时，他再次命令全城四面纵火，使得宫殿、民居及山林尽皆毁灭。仅北方地区未受影响，因为那里将作为出发地。此后，他对营中的妇女也实施了相同的政策，只留下几名嫔妃，其余均遭处决。在这日中，有四十万名妇女丧命。
之后，在狂喜中舞蹈并向百官宣布自己已脱离妇女之累，便可顺利前行至天下的幻想，最终在1647年1月3日，由探兵射箭导致身亡。他的死亡结束了一段恐怖的统治，也标志着一个时代的结束。而清朝接管后，因找不到原有府衙所在地，将省府迁至阆中县，并在1659年才将其迁回成都。这段历史反映出张献忠残酷暴虐的一面，以及他对女性生命价值完全忽视的事实，是中国开国史上的黑暗篇章之一。
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