侯家先世是“戍籍”。所谓“戍籍”即是有罪充军至某地所记的户籍，被视为贱民之一，至方域的祖父始贵。
祖父
侯方域的祖父侯执蒲，两榜出身，官至太常寺正卿。太常寺司职祭典。天启年间，魏忠贤想代明熹宗行南郊祀天大典，侯执蒲事先得知消息，在魏忠贤不曾矫诏宣布此事以前，上了一道奏疏，说天坛常有“宫奴阉竖，连行结队，走马射弹，狂游嬉戏”，以为“刑余不宜近至尊，而况天神飨祀之地？请下所司论治”。
这是指着和尚骂秃，魏忠贤大怒。侯执蒲见机，辞官而归。在朝时，陈贞慧的父亲陈于庭，当吏部左侍郎，与东林巨头高攀龙、星，并负天下重望，对侯执蒲颇有照应。所以侯陈两家，算起来是三代四辈的交情。
父亲
侯执蒲有子五人，长子即是侯方域的父亲侯恂，以进士为言官。天启四年阉党大攻东林时落职而归。崇祯元年复起，由广西道御史转太仆寺少卿，擢兵部右侍郎，为时不过两年。崇祯三年出驻昌平，称为“督治侍郎”。
其时正当前一年冬天，清兵入关，直薄京城，以及袁崇焕被杀，祖大寿兵变之后，各路勤王之师云集近畿达二十余万之多。负守关全责的是明末第一流人物孙承宗，但道路阻隔，指挥不灵。所以侯恂守昌平，碌碌无所表现，真是坐守而已。惟一的一件得意事，便是识拔了左良玉。
侯方域《壮悔堂文集·宁南侯传》记左良玉辽东人，投军以战功得为辽东都司。有兵无饷，少不得常干没本钱的买卖。有一次抢了一大票，不想竟是运到锦州的饷银，论法当斩。而同犯丘姓很够义气，一肩担承，左良玉得以不死。当然，官是丢掉了。传云：“既失官，久之，无聊，乃走昌平军门，求事司徒公。司徒公尝役使之，命以行酒。冬至，宴上陵朝官，良玉夜大醉，失四金卮；旦日，谒司徒公请罪。司徒公曰：‘若七尺躯，岂任典客哉？吾向误若，非若罪也！’”
按：司徒公即谓侯恂。昌平为明十三陵所在地。侯恂的职责之一，即是守护陵寝。是故冬至朝官祭陵，侯恂以“地主”身份，设宴相待。其中最可注意的是“命以行酒”四字，其中大有文章。
明朝中叶以后，龙阳之风甚炽，军中不携妇人，常以面目姣好的兵卒陪酒侍寝。“行酒”二字是含蓄的说法，所以侯方域的同社文友贾开宗，于此四字之旁有夹注：“宁南出身如此。”观下文失金酒卮以后，左良玉请罪，侯恂答复他的话，情景自见。而孔东塘作《桃花扇》派脚色，左良玉以小生应工，可知亦有微意在内。
崇祯四年春天，清太宗制成红衣大炮。秋天举兵侵明，进围大浚河新城。侯恂奉旨赴救，《宁南侯传》记：
“榆林人尤世威者为总兵官，入见司徒公曰：‘大浚河当天下劲兵处，围不易解。世威当行，今既以护陵不可，公且遣将；谁当往者？中军将王国靖，书生也；左右将军更不可任。”司徒公曰：‘然则谁可？’世威曰：‘独左良玉可耳！顾良玉方为走卒，奈何帅诸将？’司徒公曰：‘良玉初任此，吾独不能重良玉乎？’即夜遣世威前论意。漏下四鼓，司徒公竟自诣良玉邸舍，请焉。
“良玉初闻世威往，以为捕之；绕床语曰：‘得非丘磊事露耶？’走匿床下，世威排闱呼曰：‘左将军，富贵至矣！速命酒饮我。’引出而论其故，良玉失色；战栗立，移时乃定，跪世威前，世威且跪且掖起之。
“而司徒公至，乃面与期，诘旦会辕门，大集诸将，以金三千两送良玉行，赐之卮酒三令，箭一，曰：‘三扈酒者，以三军属将军也！令箭，如吾自行。诸将士勉听左将军命，左将军今日已为副将军，位诸将上。吾拜官疏，夜即发矣！’“良玉既出，以首叩辕门墀下曰：‘此行倘不建功，当自刎其头。’已而果连战松山、杏山下；录捷功第一，遂为总兵官。良玉自起谪校至总兵，首尾仅岁余，年三十二。”
这段记述，大致皆为事实。自此以后，左良玉成为动关安危的大将。而侯恂的仕途亦很得意，崇祯六年五月，调升为户部尚书。侯方域进京侍父，即在此时。其时年十六，已中了秀才，也娶了亲。第二年，代父草拟屯田奏议，计分官屯、军屯、兵屯、民屯、商屯，腹屯、边屯、垦种、考课、信任等十目，洋洋万言，条畅练达，期于可行。
但此时大局已成鼎沸鱼烂之势，民间有“田”字诗，所谓“昔为富之基，今成累字头”，有田者宁愿流离道途，乞讨为生，不愿回乡耕种，借以逃避“加派”。在这种情况下谈屯垦，无异纸上谈兵。此奏上否不可知，即上亦不能行，可为断言。但以十七岁的少年，能草成这样的大文字，虽说是在侯恂指导之下所完稿，亦是一件了不起的事。明末四公子中，侯方域颇留意经济政事，有用世之志。却以生不逢辰，英才无由得展。以小见大，侯方域个人的悲剧，亦正是时代的悲剧。
当侯恂就事一个月之后，首辅周延儒为温体仁所排挤而去官。不过温体仁虽取代为首辅，犹不敢彰明较着与东林、复社为难，所以侯恂亦得安于其位。
到了崇祯九年，东林健者文震孟被排挤罢相以后，温体仁羽毛已丰，职掌度支的侯恂乃为体仁唆使言官奏劾糜饷，被捕下狱，直到崇祯十四年方始出狱。
侯恂明史无传，他的落职获罪，系狱五年之久，始末如何，侯方域诗文中皆未提及。
侯方域初到金陵在崇祯十一年。南归的原因是在应乡试。
