在元朝的残余力量北逃后，形成了北元，这个时期的蒙古部落分为鞑靼和瓦剌两大部分。瓦剌成为中国北疆的最大威胁，其汗也先在明英宗正统十四年入侵中国，导致土木堡之变。此后百年的内斗中，鞑靼重夺主宰地位，而俺答脱颖而出，在大明嘉靖年间独立建国，并对中原构成威胁。
俺答称汗并遣使议和求通贡市，但被明世宗屡次拒绝。在嘉靖二十九年六月，他以武力逼使明廷开市，但直到嘉靖三十二年边境才得以安宁。隆庆四年，俺答与汉那吉达成协议，被封为顺义王，并开放十一处边境贸易口岸，使得双方开始正常交往和经济贸易，为西北边境带来了长时间的和平。
至此，北虏问题告一段落。但是在南方，由于明宣宗实行海禁政策，对日本进行勘合贸易，加上葡萄牙人入侵等事件，一系列沿海治安危机不断发生，最终导致了宁波之乱、屯门之战与西草湾之战等事件。
随着胡宗宪、戚继光与俞大猷等名将的努力，在嘉靖末年倭寇问题基本得到解决。这两个外患不仅暴露了当时社会的一些问题，也促进了军事改革和防御措施的加强，为后来的清兵入关埋下伏笔。
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