弘光帝
弘光帝，名朱由检，是明朝最后一位皇帝朱由检的儿子。他在1644年被清军攻破南京后，被迫自缢。然而，他的死并没有结束明朝，而是让位于他的弟弟朱慈炽，即隆武帝。
隆武帝
隆武元年（1645年），朱慈炽登基成为明朝新的皇帝。但他在位时间很短，只有四个月就被清军逼迫逃往广西。在此期间，他下令兴办学堂，招收士人学习兵法，以备抗敌，但最终未能改变历史的走向。
永历皇帝
隆武四年（1648年），朱慈炽去世，其子朱常洵继承了皇位，称为崇祯十一年的幼主。崇祯十二年（1649年），崇祯死后，由其弟长兄之子、福建巡抚李成棟拥立其为新君，即永历皇帝。永历时期，虽然设立了两江总督等官职，对地方实行了一定的改革，但由于内部矛盾和外部压力，最终也难以挽回大势。
南明各政权
随着清军对南方地区的不断推进，一些将领和士人开始独立建立自己的政权，其中包括吴三桂、尚可喜、耿精忠等人的所谓“三藩”以及张煌言、吕调阳等人的其他小股力量。这些独立政权虽初时对抗清廷取得了一些胜利，但最终因内部分裂和外界压力而失败，最著名的是吴三桂起义导致的大战，这场战争史称“平定三藩”。
永历降清及晚期活动
1673年的第二次草船借箭战之后，永历天命六载（1656）至九载（1660）的间隙里曾一度稳定局面。此后又经历数次战争，最终于1680年的浙江宁国城战败降于清军，此即“宁国降”的事件标志着南明正式灭亡。而这段时间里还有一系列政治斗争，如东林党与锦衣卫之间的纷争，以及对待流民问题上的处理不当，使得整个社会动荡不安，加速了整个王朝的衰落过程。
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