南北朝时期，从世族到确立三省制度的转变过程，充满了复杂的社会阶层分化和行政区划调整。世族在初期占据主导地位，但随着时间的推移，其影响力逐渐衰退，最终在侯景之乱后彻底崩溃。胡族政权则重用汉人世族，促进了两种文化之间的融合与冲突。
政府部门方面，南朝宋以后设立门下省，这标志着三省制度的确定。这一机构不仅负责献计策和劝谏皇帝，还参与机密事务，是掌握大权的地方。
行政区划方面，南朝政体承袭东晋实行州郡县制，并且出现侨州郡县及双头州郡等特殊情况。在隋朝统一天下之后，将关东与江南的人民融合形成新汉族，为开创具有开放性和包容性的隋唐文化奠定基础。
北朝政区继承十六国时期的州郡县制，在北魏孝文帝之后模仿南朝官制，使得官僚体系更加完善。北周则按照周礼设置六官，即天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官六府，这是后来的六部体制发展的一步棋。
尽管如此，在这段历史中，我们也看到了各种行政区域单位相互转换和调整的情况，如行台与总管制之间的变化，以及对各民族管理方式上的探索。此外，镇戍制度在重要军事要地设立镇将管理，而于重要城池设置戍主管理，以巩固边疆安全。但随着历史发展，这些地方治理模式最终都被更为中央集权化的大型组织所取代。
