他设立了东厂，一个专门负责侦查和监控的机构。这个机构在明成祖朱棣登基后不久成立，它的目的是清除那些反对朱棣称帝的人，并且用来控制朝廷中的其他人。他还设置了一系列的分支机构，以确保他的权力覆盖整个帝国。
东厂由一位高级宦官掌管，这个人被称为东厂掌印太监，他是仅次于司礼监掌印太监的第二重要人物。下面有许多其他的人员，他们包括提督、掌班、领班、司房，以及十二伙管事，每一伙都有自己的任务。这些人一起管理着档案和侦查工作。
东厂还有大量番役，这些是他们手下的侦察人员。这群人负责各种任务，从审问重犯到调查普通百姓的事情，比如食品价格等。他们甚至能够潜入政府衙门中，监视官员们的行为。
由于其广泛的权力和影响，东厂成了宦官干政的一个重要工具。但它也带来了许多问题，很多冤案发生了，而且它对人民来说是一个恐惧之物，就像地狱一样存在着224年。
西厂则是另一个与之类似的机构，它同样由宦官领导，由汪直担任首领。当时出现了一些神秘事件，比如“妖狐夜出”，以及李子龙使用巫术引起骚乱，图谋不轨。为了应对这些威胁，明宪宗决定建立西厂。在灵济宫前设立总部，以旧灰厂作为主要场所。
西廠主要從禁衛軍中選拔軍官，其勢力迅速擴大超過了東廠。不需要皇帝批准就可以逮捕并严刑逼供怀疑之人，這導致了廣泛的情緒反彈。一段时间后西廠被撤销，但很快又恢复回来。在随后的权力斗争中，汪直失去了势头，最终被逐出京城，而西廠也随之消亡了。
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