明朝建立初年，都司卫所便已成为了军事机构的一部分，其名称经过多次变更，最终定名为都指挥使司和行都指挥使司。全国共有十六个都司和五个行都司，每一个布政使省下设有一个这样的机构，直接隶属于京师五军都督府。
这些地方最高军事机构主要负责防御外敌入侵，同时也承担了维护内部治安和平叛乱任务。留守司则专门负责皇陵的守护工作，不涉及其他方面。
每个都 司或行 都 司下辖若干千户所、百户所以及总旗、小旗等小型兵力单位，这些单位分布于全国各地，从山东到云南，从广西到陕西，每一处都是其势力范围内。此外，还有一些特殊类型如屯田千户所、群牧千户所，他们主要从事农耕和畜牧业，以此来保障士兵生活，并兼顾经济发展。
早期，各位百姓并不直接参与这种制度，但随着时间推移，由于国家需要更多的人手参与屯田以保证给养，这些卫士开始与当地百姓融合，在某种程度上影响到了他们原本稳定的生活方式。而且，因为边境地区居民对战争频繁地区变得习以为常，所以这类制度逐渐失去了最初设计中的纯粹性，转向了更加复杂的管理形式。
最终，这样的组织体系虽然起初旨在加强中央对地方统治力的控制，却因为后来的制度变化而导致其功能受损，使得这些曾经强大的军事力量逐渐失去实效，最终成为无法有效抵御外部威胁的一个弱点。这段历史，也让我们深刻体会到任何组织或系统如果不适应时代发展，将很快变得过时无用。
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