郑芝龙投降清朝的深层原因，源于他作为商人的本性与其对国家事务的无力感。当初归顺明朝，乃是回归根源之举，但随着明朝势力的衰败，他转而寻求利益最大化的途径。然而，这个曾经活跃于东南沿海的海盗，因其不侵犯平民、甚至接济贫困百姓的善行，赢得了一定的民心。
尽管郑芝龙拥有扩张自己势力的野心，他最终还是向明朝投降。在那时期，大清王朝崛起，他迅速转变立场，以避免被落后时代所淘汰。他意识到明朝即将灭亡，而他的未来在其中没有保障，因此选择了新的盟友。
然而，对大清王朝来说，郑芝龙仅仅是一位可以利用的人物。他的价值主要在于劝说儿子郑成功投降，但这份努力彻底失败了，因为郑成功坚定地反抗清廷。这一挫折剥夺了郑芝龙最后一点影响力，最终导致他被软禁北京，最终悲惨地丧命。
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