王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个多面性质的历史时期。它既是中国封建王朝发展的一个重要节点，也可能被看作平淡无奇的一年，因为在这个时间点上并没有发生足以改变历史的大事件。但正是这一年的种种细微之处，反映出了明代社会的复杂性和矛盾。
过去对明史的研究往往强调“税重民穷”的现象，但黄仁宇则认为，这只是表面的问题，其根本原因在于法律体系和政府运作的低效率。他通过撰写《万历十五年》，试图揭示这一观点，并阐述了以道德取代法制在明代达到极致的情况。
在万历时代，大批重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，以悲剧收场。即使当时的皇帝也只能采取无为而治的手段，由此可以窥见体制内固化所带来的悲哀。这些人物每个都有其独特之处，却最终因改革失败而遭遇厄运，其中许多甚至落得革职入狱。这一群文官为了维护集团利益，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞状态。而文官与宦官之间权力斗争更是加速了大明朝衰败步伐。
尽管外界容易忽视这般平凡的一年，但实际上，在这一年的某些关键事件中隐藏着未来重大变局的种子。在黄仁宇看来，这些看似不起眼的小事，却承载着决定性的因果关系，是探究历史深层次意义不可或缺的一部分。通过对几个关键人物及其命运的描绘，《万历十五年》展现了这个帝国走向衰亡的人类悲剧，以及如何由一个具有强大意识形态支配帝国各方面（从强度到广度都是前所未有的）至另一个依靠技术与法律支持崛起的事实差距。
自那一年起，中国与西方之间鸿沟逐渐拉开，最终演变成东方帝国开始失去活力，而西方则迎来了崛起。在这个转折点上，我们看到的是两种不同的道路：一种是在坚持传统意识形态基础上的继续衰退，而另一种是在不断寻求创新与适应变化中取得进步。此刻，我们站在历史交汇点，回望过去，同时思考着未来的可能性。
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