王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，不仅是中国封建王朝发展的一个重要阶段，更是四大冤案发生的关键时刻。过去关于明史的叙述，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不在国家的赋税过重，而在法律的和政府的低能。他写作《万历十五年的目的，也重在说明这一看法，并揭示了四大冤案背后的政治斗争和社会矛盾。
明朝万历年间的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们以不同的方式尝试改革，但最终因政治斗争和体制机制而失败。他们每个人都各有特点，努力推动变革，但最终落得个革职、入狱等下场。这一切反映出一个强大的体制惯性所带来的悲哀，以及文官集团对国家发展产生阻碍作用。
历史上，万历十五年虽平淡无奇，却隐藏着若干影响深远的事件，这些事件看似末段小节，但实际上却是以前大事的症结所在，是将来波澜壮阔事件的预兆。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物描述，看到了这个没落王朝悲剧命运，以及它们之间因果关系——这是历史学家容易忽视但又至关重要的一面。
尽管黄仁宇批评道德代替法律，在《万历十五年》中，他指出了这种做法的问题——道德非能手，不可代替技术，更不可代替法律。他认为，明朝之所以特征鲜明，就是依靠意识形态作为统治手段，使得意识形态充斥了帝国各方面，无论强度还是广度，都达到了空前未有的水平。
从那一年起，即使西方世界正在崛起，而东方则开始走向衰败。
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