王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是一个转折点，但也可能被视为平淡无奇的一年。它正处于中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律和政府效率低下。两千年的中国历史，以道德代替法制到了明代极致，他写作《万历十五年》的目的是为了强调这一观点。
明朝万历年间的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人的故事各具特色，都有所作为，但最终以悲剧收场。即使是万历自己，在这种体制下，只能采取等待政策。在这种体制惯性的影响下，我们看到了一个悲哀的局面。
他们试图进行改革，却因无法突破体制而失败，大多数人遭受革职或入狱的命运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展都停滞不前。文官集团统治成了一场灾难，对大明王朝来说，无疑是个不幸之始，文官与宦官集团斗争更是加速了大明衰落。
历史上，万历十五年的确平凡无奇，但却隐藏着容易忽略的小事件，这些事件虽然看似微不足道，却实则触及了之前的大事，并预示着将来会掀起巨大的波澜。这一系列因果关系，是历史上的关键所在。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们见证了这个没落王朝的悲剧命运，最终这些帝王将相被历史抹去。
黄仁宇在书中深刻批判了中国以道德代替法律的情况——道德并不完美，它不能替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一是在于依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透帝国各个方面，从强度到广度，都达到了前所未有的水平。
从此刻开始，中国与西方之间的差距不断扩大！西方帝国崛起之际，东方帝国开始衰败！
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