政治腐败与中央集权的衰弱
在明朝晚期，政治腐败和中央集权的衰弱成为主要的问题。官员贪污、奢侈成风，国库空虚，对外防御力减弱。同时，皇帝对事务漠不关心，由宦官和阉人控制政局，使得国家决策缺乏效率和合理性。
军事改革失败与边疆防线脆弱
明朝在军事上采取了一些改革措施，比如设置了精兵制度，但这些改革并未能彻底解决问题。边疆地区频繁发生民族起义，如蒙古族、满族等部落不断侵扰边境，同时海盗活动也日益严重，这些都削弱了国家的整体安全。
经济困顿与社会矛盾加剧
经济方面，明朝晚期出现了大量货币贬值、通货膨胀等问题，这导致民众生活水平下降，加剧了社会矛盾。而且由于农业生产力低下，以及商业贸易受限，不少地方出现饥荒灾害，人民苦难深重。
文化衰退与思想变革阻滞
文化领域也显现出了衰退的情况，大多数学者专注于科举考试而忽视实用科学研究。此外，封建礼教束缚着人们思维，使得思想上的创新和进步受到限制。在宗教方面，也因为信仰偏激导致反复无常甚至是破坏性的行为，如指控基督徒以及其他非传统宗教团体进行迫害。
自然灾害频发与疫病流行
自然灾害频繁发生，如洪水、地震等极端天气事件对农业造成重大影响，而瘟疫、大疫、小疫等疾病频繁爆发，都严重打击了当时的人口结构，并对经济发展产生长远影响。这些自然因素进一步加剧了社会动荡和政治危机。
