清顺治七年，明降将孔有德领兵攻陷桂林，改靖江王府为定南王府。顺治九年，农民起义军李定国攻占桂林，孔有德兵败，举火。图为靖江王府。
袁崇焕对不听调度的毛文龙终于忍无可忍，一怒之下先斩后奏把他杀了，这消息传出一片哗然。而崇祯皇帝却作出了超乎所有人想象的回应——表扬了袁崇焕。这是个什么信号？袁崇焕诛杀毛文龙的后遗症到底有多大？他有多少是私心？他到底错在哪儿了？
当尚方宝剑遭遇尚方宝剑
让 袁崇焕真正起了杀心的是毛文龙割据东江，不听调度。
要知道，毛文龙是明朝任命的东江总兵，他天启三年加封左都督，被赐尚方宝剑。他的桀骜不驯、拥兵自重、不服节制，都与袁崇焕的平辽方略格格不入。一上任，就宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，要整饬军纪，对于解决这个“独立王国”，即使手握重兵又孤悬海外，也不能容忍。
而作为封疆大吏手握重兵，又孤悬海外，有如“土皇帝”的毛文龙，又怎么能甘心受袁崇焕的辖制和摆布呢？
据李清《袁督师斩杀毛文龙始末》记载，在五月二十九日，袁崇焕抵达东江所属岛屿，将书致书给毛文龙前来会谈。随后带领三千名亲信将士赴会。在初次见面时气氛还算融洽，但当话题转入设饷宁远、更定营制、增设监司等具体问题时，毛文龍卻断然拒绝，并表示不接受任何整顿建议。当同样拿着皇帝赐予的大臣身份，以个性强硬说一不二的人物出现于部下中，而被认为抗命不从代表人物，便让 袄 们动了杀机。
为了设局以便Kill掉 毛 文 龙, 袅 们决定设一个局。在六月初五这天，他们命令随从百余名亲卫与三千将士联欢射箭活动，当这种联欢性的活动进行时，他们对每位官员一一慰问，每人赏赐，让众人喜悦满怀，而且也洋洋得意地说：“这些多是在下的儿孙。”然而，当官员上下皆乐陶陶之际，却暗地授计属下，把 毛 文 龙及随行人员截开，然后突然围住他们，用一种严肃的声音提出更定营制的问题，一声怒喝间，将话题转向更正军令问题，由此引发争执，最终用尚方宝剑将 毛 文 龙及其随行人员拿下并处决。他毫无戒备，被捕束手就擒，没有一人敢出言相救。
在众目睽睂的情况下，再次历数12条罪状，然后用那份所赐的大臣身份使用过的小刀，将 毛 文 龙斩首。这件事之后，即刻厚殓其尸体第二天，他亲自祭奠曰：“昨夜杀你，是依照朝廷；今日祭你，是念及僚友私情。”流泪而告别。但至今仍有人对于此事持不同看法：有的认为 毛 文 龙该死；有的则认为毋需如此做。此事件成为学术界长久争论的话题之一。
关于这一点，有两种截然不同的看法：一种看法认为谋划者必须果断行动以维护秩序和忠诚，即使可能牺牲一些生命；另一种看法则指责那些采取极端措施的人失去了理智和同情心，从而导致不可预测甚至危险的情况发生。此外，还有一些观点主张通过合适的手段处理异己，以免损害国家利益或造成社会混乱，但这些方法是否真的有效，以及它们如何影响到整个社会结构和政治稳定的问题，则一直是一个未解之谜。
当然，在历史研究中，我们可以找到很多不同的视角去理解这一事件，比如从个人角度考虑，如我们探讨的是特定的个人行为背后的心理动机或者是他们如何在压力巨大的情况下去做出选择；或者从宏观角度考虑，如我们分析的是整个时代背景下的政治斗争以及这些斗争如何塑造了一系列历史人物及其行为模式等等。每一种视角都提供了一种独特的情景，使我们能够深入了解那个时代复杂多变的情绪世界，以及人们如何处理冲突并试图实现自己的目标。在追求真相的时候，我们需要不断地质疑现成答案，并勇于探索那些隐藏在历史尘埃中的秘密故事。不过，无论何种解释，每一次反思都会让我们更加深刻地认识到历史上的重要事件往往涉及复杂的人性关系以及权力游戏，这些因素共同构成了丰富多彩又充满挑战性的过去世界。
