在明末清初的动荡时期，少林僧兵不仅参与了唐朝的历史事件，他们还以坚韧不拔的意志和精湛武艺，抗击了日本海盗（倭寇）的侵扰。这些武僧们被列入国家“乡兵”行列，与今天的民兵或预备役军人同等地位，被视为主力。在平定叛乱、征讨土匪、戍边守疆等大事中，少林武僧都能迅速响应，并展现出骁勇善战的一面。
他们使用的是棍棒乃至徒手出击的少林拳，这些武器装备并不先进，但在佛门十八般兵器中享有盛名，被誉为“诸艺宗于棍”。明朝嘉靖、隆庆年间，当日本海盗频繁骚扰中国东南沿海时，沿海战争力量极弱，而倭寇凭借其制作精良的日本刀及诡秘刀法，使得明朝守军节节败退。
当沿海百姓遭受欺凌时，一股数十人的倭寇小分队竟然长驱直入直达安徽歙县和芜湖，再逼近南京城。这场灾难震惊了整个国家，导致国王下旨征调各地乡兵，其中包括著名的少林僧兵。他们日夜兼程，不远千里，以七尺重30斤特制铁棍迎敌，最终痛歼倭贼，将威风扫地落荒而逃。
宁波都督万表记录了一次特别重要的情景：嘉靖三十二年(1553年)，一群少林武僧教练月空法师亲率30余名弟子大破倭寇。但后来因误入埋伏，全体阵亡。方丈携百名僧兵再次出发，用棒杀死上千人。在翁家港、白沙滩战役中，更将250多名倭贼斩尽杀绝一个不留。
这些故事传遍全国，大长了国人的威风，有诗云：“山东应募少林僧，叶榭江湾敌队乘。七尺棍长卅斤重，战场陷阵勇先登。”这首诗赞扬了山东地区招募来的少林僧士，在战斗中的英勇与忠诚。而顾炎武先生则在《日知录·少林僧兵》中详细记载了这一史实，并且提到了四位壮烈牺牲的小说人物——彻堂、一峰、真元、了心，他们保卫松江的事迹，让后世永恒铭记。
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