在清朝顺治年间，明末降将孔有德领兵攻陷桂林，并改靖江王府为定南王府。顺治九年，农民起义军李定国攻占桂林，孔有德兵败而举火。这种局面下，毛文龙作为明朝任命的东江总兵，在天启三年被加封为左都督，并赐予尚方宝剑。
然而，当时的辽东地区政局复杂，一些地方武装割据，对于中央政府的控制力度有限。毛文龙就位居高位，却不听调度，这让袁崇焕心生忧虑。在这背后的原因中，还有一种说法：毛文龙准备投降皇太极，但这一点是否可信仍然是一个问题。
在这样的背景下，袁崇焕决定亲自处理这个问题。他首先向毛文龙发出书信要求会面，但实际上是为了设套。五月二十九日，当两人相遇时，双方初见气氛还算融洽，但随即话题转入设饷宁远、更定营制、增设监司等具体问题时，毛文龙拒绝了所有建议。这一刻 袁崇焕真正动了杀机。
六月初五那天，在“校射领赏”活动中，由于官兵上下多姓毛，而且存在私心和偏见，加之政治上的猜忌，使得袁崇焕判断出此机会诛杀了毛文龙。当晚，他对部下说：“昨夜斩你，是依照朝廷；今日祭你，是念及僚友私情。”
事后，当这些情况向崇祯皇帝汇报后，大吃一惊。但最终并没有追究他的擅杀大臣之罪，而是表扬了他，这个意外的表扬却暗示着皇帝与袁崇焕关系由亲密转向猜忌，因为毛文龙不仅是个战略要员，更是皇帝的一颗棋子，用以牵制后金军队西进。
至今学术界对于这场事件仍然争议不休，有人认为这是同室操戈，不该发生，有人则认为这是剿除异己，为国除害。而且，从战略角度来看，在当时特殊背景下杀掉这样一个能在背后牵制敌人的力量，无疑是一次重大失策，对于整个国家都是一个错误。而对于袁崇焕来说，这也许只是他个人权力的扩张和清洗异己的一部分行动。
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