李时珍的家世业医，自祖父“铃医”至父亲月池，都深受官绅欺压。为摆脱这种屈辱，月池决定让二儿子李时珍读书应考，以期在科举中出人头地。然而，李时珍生性刚直纯真，对于八股文无感，因此放弃了科举之路，转而专心学医。在三十八岁那年，他被楚王召去任奉祠正兼管良医所事务，再次被推荐上京任太医院判，但仅一年便辞职回乡。
在十几年的时间里，李时珍阅读了大量古籍，并通过临床实践发现本草书籍混乱不堪。他决心编纂一部新的本草书籍。三十一岁起，他开始酝酿，并利用行医机会向豪门大户借阅图书，在武昌楚王府和北京太医院期间，更是进一步扩展了自己的知识面。
为了解决药名混杂的问题，李时珍不仅“搜罗百氏”，还亲自四处采访，从蕲州到江西、江苏、安徽等地，不畏艰险。在实地调查中，或观察药物形态，或研究生长情况，如对蕲蛇的研究，就通过亲眼观察来准确描述其特征。
他注意到芸苔，即油菜，其形态与《神农本草经》及其他注释相差甚远，只有从种菜老人的指点下，再加上实际观察后才得以正确理解。而对白花蛇的了解，也由最初只从蛇贩子那里观察发展为亲眼见证捕捉过程和制备方法的全貌。
对于传说中的仙果榔梅，也进行了直接实验，而非blindly信道士们的话。此外，对鲮鲤（穿山甲）的食蚁行为也进行了亲身验证，以证实陶弘景关于它水陆两栖特性的描述，同时纠正了一些错误。
经过长时间艰苦工作，在万历戊寅年（1578年），李时珍完成了他的《本草纲目》，成为我国药物学领域的一部巨著，全书收录了一千八百九十二种药材，加上新增三百七十四种，使得这部作品更加全面且权威。这部作品不仅解决了许多前人未能解答的问题，还对后世产生了深远影响。
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