王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是一系列决定性事件的起点。然而，这一年也被视作平淡无奇，或许连一件值得讨论的事情都没有发生，但它恰好标志着中国封建王朝发展的一个转折点。
过去关于明史的叙述几乎都强调了“税重民穷”的困境，但黄仁宇认为，民众贫困的根本原因并不在于国家过度赋税，而在于法律与政府的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极致，而他撰写《万历十五年》的目的，就是要证明这一观点。
在万历年间，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都有其独特之处，闪耀着希望，却最终以悲剧收场。即便是当时的皇帝，即使身处这种文官集团体制下，他只能选择无为而治。这一切反映出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。
这些文官为了维护整个集团利益，使得国家武备、科技革新以及商业发展均陷入停滞。文官集团的统治给这个国家带来了不幸，而他们与宦官之间权力斗争更是加速了大明王朝衰败的事实。
历史上看来，万历十五年的确是一个平凡的一年，但是就在这个平凡之中，有若干个容易被忽略的小事，其实它们却是以前重大事件症结所在地，同时也是将来波澜壮阔事件的种子。在这些事件之间因果关系构成了历史上的重要关节点。而通过对几个关键人物描述，《万历十五年》揭示了这个崩溃帝国悲剧命运，最终这些帝王将相遗忘的是什么？
尽管对中国以道德取代法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非无能，不仅不能替代技术，更无法替代法律。他认为，明朝特有的特征就是依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后开始，一直到今天，我们可以看到，在那个时代，从东方到西方世界之间逐渐拉开距离。在那个时代，一边是西方帝国崛起，一边则是东方帝国走向衰落。
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