治平二年（1065年），回到汴京的苏轼，眼看前程一片坦途，妻子王弗却在这时病近了。丧妻之痛还没消退，第二年，治平三年（1066年）十月，父亲苏洵逝世，享年七十四岁。宋英宗赐银给苏轼治丧，苏轼退银，乞赠官，后追溯苏洵为光禄寺丞，苏轼和苏辙服丧返蜀。
又是一段守丧的蛰居生活，这一守就守了两年零三个月。神宗熙宁元年（1068年），服丧期满的苏氏兄弟再次返回京城，启程前，苏轼续弦娶了王弗的堂妹王润之过门。
神宗熙宁二年（1069年），苏轼和苏辙两家人到达汴京，可这时的京城已经是「山雨欲来风满楼」，等待他们的，是一场与北宋国运休戚相关的变法运动——王安石变法。在苏轼的人生历程中，王安石变法不仅是苏轼仕途的转捩点，也是其人生的最大转折点。
王安石变法源于北宋上积弊所产生的焦虑，但这种焦虑在范仲淹、欧阳修从政之时就已存在。早在王安石变法之前，「庆历新政」已然开启了北宋改革的端绪。当时，朝政上以范仲淹、富弼、韩琦、欧阳修为主导，意在填补朝廷财政上的亏空，以及面对北方诸民族侵扰的压力。
王安石变法，大意举其两端：其一，理财主张，意在从经济上除去积贫之弊；其二，强兵主张，意在从军事上除去积弱之弊。简而言之，王安石想通过改革，使北宋在国力上实现民富国强。在宋神宗继位之时，庆历新政时期的重臣韩琦、富弼、欧阳修等人已解职退居地方，而王安石、司马光等一批政坛健将成为神宗当政所倚重的对象。
熙宁元年（1068年），王安石以輸林学士的身份被神宗召见，王安石畅论国是，主张变法，其言论深得神宗之心。次年（1069年），神宗命王安石为其辅臣，参知政事，并设立变法机构，王安石变法正式拉开了帷幕。树欲静而风不止，被卷入旋涡的苏轼，命运也由此改变。在变法之初，苏轼仍然拿出了自己的意见。
王安石将科举进行了改革，考试内容由诗斌、明经改为经义、策论。这一科举改革，引来了苏轼的反对。为此，苏轼特意作了一篇《议学校贡举状》。文中苏轼认为，科举考诗赋远优于考策论和经义。虽然，宋神宗对苏轼的意见大加赞赏，但科举改革并没有因苏轼的举状而改变。
变法时期，是一个群情激奋的年代。反对王安石变法的学士，不只是苏轼一人。当时朝政里反对王安石变法最强的势力，是以司马光为首的「旧党」。
而王安石在变法中大肆提拔那些支持变法的人物，则被斌予「」之名。在新、旧党争中，苏轼虽与司马光等人共同反对变法，但对变法的意见，则有其独立的见解。为此，苏轼写下了在变法争论中著名的《上神宗皇帝书》。
苏轼在《上神宗皇帝书》中反对变法，主要反映在三个方面：其一，结人心；其二，厚风俗；其三，存纪纲。
在对「结人心」的论述中，苏轼举「商鞅变法」说：「商鞅变法，不顾人心，虽能聚至富彊，亦以召怨天下。使其民知利而不知义，见刑而不见德。」
显然，在苏轼看来，变法满遭议，不得人心；在朝政上，也不是国是共举之事。在对「厚风俗」的论述中，苏轼说：「风俗诚厚，虽贫且弱，不害於长而存；道德诚浅，风俗诚薄，虽强且富，不救於短而亡。」
在苏轼看来，国家贫弱的改善，必须以风俗为基础。若是社会风俗骄奢，则即使去其贫弱也是无益。而在对「存纪纲」的论述中，苏轼则打了一个很形象的比方，谓曰：「然而养猫以去鼠，不可以无鼠而养不捕之猫；畜狗以防奸，不可以无奸而畜不吠之狗。」
在苏轼看来，国家治理不仅是去其贫弱，还在于纲举目张，防患于未然。不能因为一时没有奸鼠，就失去了养猫狗以预防其患的意义。苏轼所言，其实是指出王安石在新法中所出现的不良影响，以及对变法未来走向的担忧。
在神宗大举新法之际，苏轼洋洋洒洒，上书近万言，敢于纳速变法之流弊，可见其士人风骨，更可见苏轼对现实的敏锐观察。
苏轼认为，王安石的变法改革太过于激进，所以他说：「求治太急，听言太广，进人太锐。」在治理上，太急必然欲速则不达；在进言中，太广则必然失之主次，以至混乱无序；在用人上，太锐则必然会带来矛盾。苏轼的《上神宗皇帝书》，可谓诚意直言，但并没有打动神宗，神宗丝毫没有改辙变法的迹象。
