政治腐败与权力斗争
在明朝中后期，政治腐败和权力斗争日益严重。天启年间（1425-1435），朱祁镇即位时期，便出现了宦官专权的问题，宦官李森等人掌握着实权，对朝政大有影响，这种情况一直持续到了隆庆、万历年间。随着时间的推移，这种政治腐败使得中央集权逐渐瓦解，加剧了国家内部矛盾和冲突。
经济困顿与社会动荡
经济上，明朝晚期也面临严重问题。农业生产出现下降，农民生活条件恶化；商业贸易受到外患和内忧双重打击；银本位货币制度导致通货膨胀加剧。这一切都造成了社会动荡，不断有人对抗政府或逃离边疆地区寻求更好的生存环境。
军事防御空虚与边疆威胁
军事方面，由于长时间的战争耗费巨大，以及国库空虚，无力维护边疆安全，使得满清等少数民族势力趁机崛起。在南京、北京等地频繁发生盗贼活动，再加上西北、东北及四川等地方不断遭受外来侵扰，使得国家防线不断松动，最终导致失守重要城市如宁夏城。
文化教育衰退与士绅分化
文化教育方面，由于财政不足，一些学府被迫关闭或减员裁减，如北京大学校基本停办。此外，由于科举制度不再能选拔出真正有才华的人才，而是更多依赖门第背景，因此士绅之间产生了严重的阶级分化，大量士人因无法获得仕途机会而感到挫折和失望，有些甚至转向成为反抗政府的一方力量。
社会风气变迁与道德伦理危机
最后，在社会风气方面，由于长时间内战带来的恐慌心理以及连续几代人的乱世出生的孩子们缺乏正规教育，他们往往只懂得如何武装起来以自卫，这种状态进一步削弱了公民意识，加深了社会伦理道德危机，让整个社会变得更加混乱无序。
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