王小波曾形容这部作品为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去的明史叙述几乎都强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根源不在于国家过度赋税，而在于法律与政府能力的低下。两千年的中国历史，以道德代替法制至明代达到极致，而黄仁宇著作《万历十五年的目的，也在于阐述这一观点。
明朝万历时期的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个都以悲剧收场。在这样的文官集团体制下，连皇帝自己只能采取无为而治。这种体制惯性的悲哀就此展现。这群文官各有所长，却又试图改革，最终失败，大多数人遭革职入狱。一群文官为了维持集团平衡，使得国家武备科技革新商业发展陷入停滞。文官集团统治成为大明王朝衰败的开端，更是宦官夺权导致国破家亡。
历史上看来，万历十五年只是平淡的一年，但其中发生了许多容易被忽视的小事件，它们似乎微不足道却实际上成为了前事后果和未来的机缘。在《万历十五年》中，对几个关键人物的描绘揭示了这个衰落帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相都化为尘土。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇已经在《万历十五年》中进行了深刻批判——道德并非无能，不仅不能代替技术，更不能代替法律。他认为，明朝特征在于依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论强度还是广度，都达到了空前的程度。
从那一刻起，一直到现在，由西方帝国崛起而东方帝国沉沦，可以说我们距离那个时代越来越远。但愿我们的历史能够教会我们，让我们不要再走弯路！
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