王小波曾形容这部作品为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去的明史叙述几乎都强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根源并不在于国家过度赋税，而在于法律与政府能力的低下。两千年的中国历史中，以道德代替法制至今未尝一日，明代尤其达到了极致。而黄仁宇撰写《万历十五年》的初衷，也是为了阐述这一观点。
在万历时期的大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都各具特色，却都以悲剧收场。即便是万历本人，在这种文官集团体制下，只能采取默许政策。这些可以看出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。在这个集团里，每个人都试图进行改革，但最终失败，大多数人还遭受革职或入狱的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备科技革新商业发展均陷于停滞。文官集团统治对大明王朝而言，无疑是一个不幸的开始，更是宦官与文官夺权导致了国力的衰败。
历史上，万历十五年的确只是平常的一年，只不过是在这一年的时间里，有若干事件悄然发生，它们看似微不足道，却其实是以前重大事件症结所在，也预示着将来会掀起波澜。这些因果之间关系错综复杂，就是历史上的重点。而通过描述几个关键人物，《万历十五年》展示了这个帝国末日前夕的心理状态，最终这些帝王将相被历史抹去。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判了以道德代替法律——道德并非无敌，不足以取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都超越了前例。
自那一年起，对中国和西方间差距逐渐拉大!西方帝国崛起，而东方帝国走向衰落！
