王小波曾形容这部著作为“非传统的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是一系列决定性事件发生的时刻，但也是一年平淡无奇、甚至无足轻重。然而，它恰恰是中国封建帝制发展的一个关键时期。
关于明史的叙述往往带有“税重民穷”的说法，但黄仁宇主张，“民穷”的根本原因不在于国家赋税过重，而在于法律与政府效能低下。中国两千年的历史中，以道德代替法治最终达到了极点，在他撰写《万历十五年》的过程中，他力图阐释这一观点。
在万历时代，大臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都以悲剧收场。在这种文官集团体制之下，即使是皇帝自己，也只能采取无为而治的策略。这让我们看到了强大体制惯性的悲哀。尽管他们各有特长，闪耀着光芒，并试图进行改革，最终却失败了，大多数人遭遇革职或入狱。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技进步和商业发展陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一个不幸的开端。而文官与宦官之间权力的斗争，更是致使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年只是平凡的一年，却隐藏着许多被历史学家忽视的小事 件，这些事件虽显微不足道，却也是导致前事后果以及未来变局的关键因素。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个落寂帝国悲剧命运，以及时间如何将这些帝王将相抹去。
虽然黄仁宇在《万历十五年》里已经深刻批判了中国以道德代替法律——道德并非至高无敌，不仅不能取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝之所以具有特征，就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论其强度还是广度，都超出了任何先例。
从那一刻起，即1587年的万历十五年，一线分水岭开始形成：东方帝国正在走向衰落，而西方帝国正崛起！
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