王小波曾形容这部作品为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法几乎是通行的观点，但黄仁宇认为，民众贫困的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律缺失和政府能力不足。两千年的中国历史，以道德代替法制达到极致，在他撰写《万历十五年》的过程中，他旨在阐明这一看法。
万历时期的大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历本人，在这种文官集团体制下，只能做到无为而治。这一现象反映出强大体制惯性的悲哀，每个人都各有特色，有亮点，也尝试进行改革，但最终失败，大多数人还遭受革职或入狱的命运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备科技革新商业发展陷入停滞。文官集团统治成了一种灾难，对整个大明帝国来说，无疑是个不幸的开始，更是宦官与文官夺权导致大明衰败。
历史上，万历十五年的确平凡，却发生了容易被忽略的小事件，它们似乎微不足道却实际上是之前重大事件的心结也是未来风浪所依托的地方。它们之间因果关系，是历史中的关键所在。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描绘，我们看到了这个落幕帝国悲剧命运，最终这些帝王将相化作尘埃。
尽管对中国以道德取代法律的问题，黄仁宇已经在《万历十五年》里深刻批判——道德非尽善越妙，不足以代替技术，更无法替代法律。他认为明朝特征之一就是“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透了帝国每个角落，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那时候起，一线分水岭形成：西方帝国崛起，而东方帝国走向沉沦！
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