王小波曾形容这部著作为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法几乎是家常便饭，但黄仁宇提出了不同的观点，他认为国家赋税过重并非民穷的根本原因，而在于法律和政府管理的低效。两千年的中国历史，以道德代替法制达到了极致，而他写作《万历十五年》的目的，就是要阐明这一观点。
在万历时期的大臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即使是皇帝万历自己，在这种文官集团体制下，也只能采取无为而治的策略。这让我们看到了强大体制惯性的悲哀。在这个集团内部，每个人都有其独特之处，闪耀着希望，但最终他们尝试进行改革却失败了，大多数人还遭遇革职入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对大明王朝来说，无疑是一个不幸的开始，更是由文官与宦官之间夺权所引发的大混乱。
历史上，万历十五年的确平淡无奇，却也是许多容易被忽视的小事件发生的地方。而这些事件虽看似末段小节，却其实是以前重大事态的症结所在，也预示着将来可能掀起巨大的波澜。这一系列因果关系恰恰揭示了历史上的重点。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物描述，看到了这个衰落帝国悲剧命运，最终它们被时间淹没。
尽管黄仁宇在书中已经深刻批判了以道德代替法律的情况——道德远非完美，它无法代替技术，更不能代替法律。他认为明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，一种不可逆转的事实出现了：中国与西方之间差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国则步履维艰！
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