王小波曾形容这部作品为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去的明史叙述几乎都强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根源并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府的低效率。自古以来，以道德代替法制的情况到了明代达到了极致，而黄仁宇撰写《万历十五年的目的就在于阐释这一观点。
明朝万历时期的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都以悲剧收场。在这种文官集团体制下，连皇帝自己只能采取守株待兔的态度。这反映出一种深厚体制惯性的悲哀。他们虽然各有特点，有些人试图改革，但最终失败，大多数人遭遇革职入狱这样的下场。一群文官为了维护集团利益，让国家武备科技革新商业发展停滞不前。而文官与宦官之间的权力斗争更是导致了大明王朝迅速衰败。
历史上，万历十五年的确平凡无奇，只是在这一年里发生了一些被历史学家忽视的小事件。但这些事件看似微不足道，却实际上是导致大事发生或将要引发波澜的关键。此种因果关系正是历史研究中的重点所在。通过对几位关键人物的描述，《万历十五年》揭示了这个末日帝国悲剧命运，以及这些帝王将相最终归于尘土的事实。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非全能，它无法替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝之所以特立独行，在于依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的程度。
从那一刻起，即万历十五年的开始，中国与西方之间差距越来越显著!西方帝国正在崛起，而东方帝国则走向衰落!
