王小波曾形容这部作品为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也是一年平淡无奇，甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰逢中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去的明史叙述几乎都强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根源不在于国家过度赋税，而在于法律和政府的低效率。自古以来，以道德代替法制的情况到了明代达到了极致，而他撰写《万历十五年的目的，也是为了证明这一观点。
当时的明朝重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人的故事都以悲剧收场。在这种文官集团体制下，连皇帝万历自己只能采取无为而治的策略。这让我们看到了强大体制惯性的悲哀。他们各有所长，又试图进行改革，但最终失败，大多数人还遭遇革职入狱这样的命运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。而文官与宦官之间的权力斗争更是使得大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一年平凡，却又充满了容易被忽视的小事件，它们看似微不足道，却实则影响深远，是造成后续大事发生的关键也是未来可能引发动荡机缘。此种因果关系正是历史关注点所在。通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展现了这个没落王朝悲剧命运，最终这些帝王将相所经历的事迹随时间消散。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在书中已经批判透彻——道德并非全能，无法取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那开始，与西方帝国崛起形成鲜明对比的大中华帝国开始走向衰落！
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