政治腐败与中央集权过度
元朝在政治上采取了高度集中的制度，虽然有利于统一和巩固，但也导致了官僚体系的臃肿和腐败。高级官员往往通过贿赂和家族背景获得职位，这严重削弱了政府的效率和公信力。同时，中央对地方实行严格控制，使得地方长官缺乏自主权，无法有效应对外部威胁。
经济衰退与商业贸易萎缩
元朝经济面临着一系列问题。首先是农业生产下降，主要原因是土地分配不均、农民负担沉重以及自然灾害频发。此外，手工业受制于封建残余而发展缓慢，同时商业贸易受到蒙古族骑士征服时期的破坏，加上海盗活动频繁，再加上中东及欧洲国家拒绝使用元宝等都影响到了元代经济。
军事力量衰弱与边疆防御不足
元朝军队在征服各国时曾经强大，但随着时间推移，其战斗力逐渐下降。兵源减少、训练质量下滑，以及装备老化都是导致军事力量衰弱的原因之一。此外，由于边疆广阔且多民族共处，对内稳定难以维持，对外防御任务越来越重。而由于财政短缺，没有足够资金用于修筑或加固边境防线，从而使得边疆地区成为内部动荡和敌人侵扰的一个温床。
文化冲突与民族融合困难
元朝是一个由蒙古人建立并迅速扩张到中国北方后统一全国的大帝国，它必须处理来自不同文化背景的人口群体的问题。在汉族人口占据多数的情况下，与汉文化相比，蒙古人的传统习俗、语言及宗教观念存在较大的差异。这造成了一定的社会矛盾，并给日常生活带来了不便，也限制了政策执行上的灵活性。
环境变化与自然灾害频发
元代正值地球气候进入小冰期期间，当时全球气候变冷引起干旱、洪水等极端天气事件增多，这对于农业社会来说是个巨大的挑战。大面积荒漠化也意味着草原资源减少，不仅影响牧民生计，还可能直接威胁到游牧民族赖以生存的地理环境，使得他们不得不寻找新的居住地或者转向其他经济形式，如农业或手工业，以此来适应新环境条件。
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