政治腐败与权力过分集中
在明朝后期，政治腐败日益严重，权力过分集中导致了行政效率的大幅下降。皇帝对内政外交的干预使得政府部门失去了独立性和效能。官员之间的斗争也日趋激烈，这种情况不仅影响到了国家治理，而且还削弱了中央集权体制，使得地方势力的力量得到加强。
经济危机与社会矛盾
经济上的问题也是明朝灭亡的一个重要因素。农业生产出现衰退，土地兼并现象严重，而对外战争则进一步消耗了国家财政和物资。此外，由于人口增长速度快而食物供应不足，导致饥荒频发，加剧了社会矛盾。这些都为内部动乱埋下了伏笔。
军事挫折与边疆防御漏洞
军事上，明朝后期经历了一系列挫折，比如辽东抗倭战役、南京之围等重大失败。这不仅削弱了国威，也损害了士兵士气。而边疆防御漏洞未被及时修复，更是让敌人有机会乘虚而入。
文化衰落与思想禁锢
文化方面，明代末年的学术研究普遍走向死板呆滞，对新思想的接受能力大大减弱。此外，一些封建制度，如科举考试中的八股文这种形式主义教育，不利于培养创新人才，只是培养出一批只会应付考试的人才。同时，对异端思想的禁锢也限制了知识界对于政治改革的讨论，从而阻碍了解决国家危机的手段。
自然灾害与疫病流行
自然灾害和疫病流行同样是造成民生困难的一大因素。在长时间内连续发生地震、洪水、旱灾等自然灾害，以及瘟疫、鼠疫等疾病爆发，都极大地增加了人民负担，加剧社会矛盾，并且直接影响到政府运作带来的资源短缺问题，为内部动荡提供助力。
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