政治腐败与中央集权失效
元朝自建立以来，始终坚持以蒙古人的军事政治制度为基础，这种制度虽然在征服和统一中国初期极具效能，但随着时间的推移，它逐渐演变成了一种僵化且不适应汉族文化习俗的政体。元世祖忽必烈试图采纳一些汉化措施，如设立文渊阁、崇尚儒学等，以此来稳固政权。但是这些改革并未能够根除政治体系内部严重的问题。官员之间互相倾轧，贪污腐败现象四处蔓延，使得政府运作变得混乱无章。
经济衰退与社会矛盾加剧
经济问题也是元朝灭亡的一个重要因素。在长期战争之后，国家财政陷入困境，而对外贸易也受到了大汗及其高级官员侵吞资源的影响。同时，由于对内政策上的错误决策，比如过度依赖奴隶劳动力而忽视了农民阶级，对农业生产造成了负面影响，加之自然灾害频发，导致粮食短缺和物价上涨，这些都加剧了社会矛盾。
外患与民族关系紧张
从南宋时期开始，即便是战胜后，元朝仍然面临来自周边诸国如明、越、吴（即今江苏省沿海地区）以及东北各族部落不断骚扰。这些外患不仅消耗了大量的人力物力，而且还削弱了国家主权，使得其在国际形势中的地位日益被动。这背后，还有一个更深层次的问题，那就是民族关系紧张。在多民族构成的大汗国中，不同民族间存在着不可调和的冲突，如蒙古人、高丽人、汉人等之间所产生的一系列纠纷，都直接或间接地影响到整个国家的稳定性。
军事力量衰退与防御能力下降
随着时间推移，大量精锐士兵死于沙场或因为长年征战而疲惫不堪。大汗为了巩固自己的统治，不断进行猜忌和排挤，将许多忠诚可靠的小将放逐或者杀害，从而削弱了军队战斗力的核心力量。此外，由于长期停滞没有新的创新，更是在科技发展方面落后的状态，也使得军事防御能力显著下降，无力抵抗那些技术先进程度较高或具有强大组织纪律性的敌手。
皇室内部斗争激烈
元朝晚期，大汗家族内部发生了一系列继承权争夺战，最终导致皇室内部分裂。而这种分裂又进一步引发宫廷内斗，其中包括暗杀、大赦免臣子甚至篡位等行为，使得中央集权进一步瓦解。此外，由于缺乏合法性的新君无法有效地控制地方实力派领袖，他们利用中央政府虚弱的情况独立行使行政管理职能，从而形成割据局面。
地方势力的崛起与叛乱爆发
由于中央政府无力有效管控地方实力派领导者，他们逐步扩大自己的势域，最终形成一批割据王公，在当地拥有几乎独立的地盘。而这些割据王公往往以反抗蒙古统治为名，与其他反叛势力结盟，并积极寻求成为未来新政权的一部分。当时出现的一些主要反抗力量包括朱棣（后来的明太祖）、李自成（后来的清太宗）的起义，以及其他各路豪杰们带领的地方武装，他们分别在不同的历史时刻共同促成了元朝最终覆灭的事实。
