朱元璋在明朝初期对军事建制进行了改革，将京城的禁卫军分为48个“卫”和“所”，并设立了12个亲军卫，其中最重要的是锦衣卫。锦衣卫的首领称指挥使，由皇帝亲信武将担任，很少由太监担任。这支机构最初负责仪仗礼仪，但由于朱元璋屠戮功臣后来认为司法机构不够好，因此提升了锦衣卫的职能，使其成为皇帝的私人保镖。
由于朱元璋和他的继承者是贫寒出身，他们为了维护自己的权力，对皇权有着比其他朝代更强烈的情感。这导致锦衣卫的职能无限扩大，指挥使利用职务之便制造事端，不仅打击异己，也作为个人升迁的资本。例如，在明成祖时期，纪纲、明武宗时期的钱宁等人掌权时，都会通过缇骑四出对全国上下施加恐怖统治，即便宰相藩王或平民百姓稍有违抗，就会面临家破人亡。
北镇抚司的大牢中关满无辜之士，有些正直之士死于酷刑之下。有一次，当宋濂赋诗表示劳累的时候，他被误解为早起上朝得及时间不够，这件事传到了朱元璋耳朵里，并被改写为“忧”。这显示出了锦衣卫势力的巨大。
除了巡查缉捕，另一项著名职能是执掌廷杖，即用来教训违纪官员的一种酷刑。一旦某位官员触怒皇帝，被宣布受廷杖，他就被扒去官服反绑双手押至午门行刑。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右，看守受刑者裹在一个大布里，用棍棒如雨点般落在他身上。如果受刑者的脚张开，则留下活命；否则，只剩死路一条。行完后，还要提起布中的四角抬起再重重摔下，此时即使不死也半条命丧失。这种廷杖之刑极大的损害了士大夫的心灵和肉体，但皇帝乐此不疲，而锦衣卫也情有独钟于此。
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