在位期间，隆庆帝积极推行改革措施，以纠正嘉靖时期的弊政。他首先进行了冤狱平反，对那些因谏言被迫自尽或受牵连者进行了追复。海瑞等人因此获得释放并恢复官职。此外，隆庆帝还严厉打击方士活动和斋醮之风，并停止了一些不必要的加派和织造、采买项目。
为了整治吏治，隆庆帝实行了对官员的考察制度，即使是王府中的低级官员也受到考察。他奖励廉洁之士，同时处理贪污案件，将有重大贪赃罪的大臣予以重罚。同时，他减免税赋救济灾民，减轻百姓的负担，并限制土地兼并，加强边防安全。
尽管如此，隆庆帝在晚年开始宠信太监，不再注重朝政，这导致他过度放纵自己的生活，最终因与妃子玩耍过度而病倒。在临死前，他将顾命大权交给高拱、张居正及高仪三人，并指定皇太子继承皇位。最后，在深感自己过度享乐所致的遗憾中逝世。
朱载垕去世后，被尊谥为契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德宏孝庄皇帝，其庙号为穆宗，被安葬于昭陵。这段历史上的短暂而重要时期，为明朝接下来的繁荣奠定了基础，是明王朝回光反照的一刻。
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